В период Джомона (с 13000 г. до н.э. до 300 г. до н.э.) жители японских островов были собирателями, рыбаками и охотниками. Джомон — это название керамики той эпохи.
В период Яёй (с 300 г. до н.э. до 250 г. н.э.), в Японию была импортирована рисовая культура (около 100 г. до н.э.). С введением сельского хозяйства социальные классы начали развиваться, и части страны начали объединяться под властью мощных землевладельцев. Китайские путешественники во времена династий Хань и Вэй сообщали, что в то время в Японии правила царица по имени Химико (или Бимиху). Период Яей принес также внедрение железа и других современных идей из Кореи в Японию. Опять же, его керамика дала периоду свое название.
К началу периода Кофун (250-538 гг.) на плодородной равнине Кинай сформировался центр власти, и примерно к 400 г. н. э. страна была объединена как Япония Ямато с ее политическим центром в провинции Ямато и вокруг нее (около сегодняшней префектуры Нара). Название периода происходит от больших гробниц (курганов Кофун), которые были построены для политических лидеров той эпохи. Япония Ямато простиралась от Кюсю до равнины Кинай, но еще не включала Канто, Тохоку и Хоккайдо.
Император был правителем Ямато Японии и жил в столице, которая часто переезжала из одного города в другой. Однако вскоре клан Сога захватил фактическую политическую власть, в результате чего возникла система, в которой большинство императоров действовали только как символ государства и выполняли синтоистские ритуалы.
В период Аска (538-710) влияние материка сильно возросло благодаря дружеским отношениям с королевством Кудара (или Пайкче) на Корейском полуострове. Буддизм был ввезён в Японию в 538 или 552 году и был продвинут правящим классом. Говорят, что принц Шотоку сыграл особенно важную роль в продвижении китайских идей. Он также написал Конституцию Семнадцати Статей о моральных и политических принципах. Теории конфуцианства и даосизма, а также китайская система письма были также введены в Японию к тому времени.
В 645 году Накатоми-но-Каматари начал эру клана Фудзивара, которая должна была продлиться до подъема военного класса (самураев) в 11-м веке. В том же году были проведены Taika реформы: была создана новая государственная и административная система по китайской модели. Вся земля была куплена государством и перераспределена поровну между фермерами в ходе крупной земельной реформы с целью введения новой налоговой системы, которая также была принята в Китае.
